Các biện pháp phòng chống ngộ độc do độc tố vi khuẩn gồm các nhóm sau đây:

• Biện pháp tuyên truyền giáo dục người dân ăn uống hợp vệ sinh: ăn chín, uống sôi, không ăn thức ăn nguội để lâu, thực phẩm khi bảo quản cần để lạnh đủ, đun sôi thức ăn trước khi ăn, vệ sinh nơi ăn, vệ sinh cá nhân và vệ sinh môi trường.
• Biện pháp công nghệ: Các tế bào C. botulinum có thể bị phá hủy ở nhiệt độ 80 oC sau 30 phút nhưng bào tử của nó chỉ bị tiêu diệt ở 100 oC sau 6 h hoặc 120 oC sau 20 phút. Vì vậy, các biện pháp thanh trùng thông thường không thể tiêu diệt được bào tử C. botulinum trong đồ hộp thịt mà phải sử dụng chế độ tiệt trùng ở nhiệt độ 115 oC đến 120 oC trong thời gian thích hợp.[6]

Một trường hợp khác là S. aureus, vi khuẩn này bị tiêu diệt ở 80 oC đến 85 oC sau 20 đến 25 phút. S. aureus không tạo được bào tử nhưng độc tố enterotoxin mà nó sinh ra có độc lực mạnh và bền với nhiệt độ, môi trường axit cũng như với các enzym phân giải protein. Phải đun sôi thực phẩm trong ít nhất 2 h mới phá hủy được độc tố của S. aureus.[8]

• Biện pháp quản lý: áp dụng hệ thống phân tích mối nguy và điểm kiểm soát tới hạn (HACCP) cho mỗi dây chuyền sản xuất một sản phẩm thực phẩm nhất định hoặc áp dụng hệ thống quản lý an toàn thực phẩm ISO 22000 cho chuỗi thực phẩm có liên quan, từ khâu trồng trọt, chăn nuôi đến các khâu thu hoạch, giết mổ, sơ chế, chế biến và bảo quản thực phẩm.